Le microbiote intestinal est formé de milliers de bactéries, soit 1,5 kg, dont le nombre et la diversité influence la santé de l’hôte humain. Les expériences de transplantation fécale suggèrent en effet qu’une faible diversité spécifique de bactéries serait la cause d’un risque accru d’obésité, de diabète, de maladies cardio-vasculaires, de maladies du foie. Par ailleurs, le microbiote intestinal assure des fonctions nutritives, et pourrait moduler l’efficacité de thérapies anti-cancéreuses. Enfin, il exerce également une influence sur le système immunitaire, et son dérèglement pourrait ainsi être lié au développement de certaines maladies (allergies, inflammations, infections, maladies auto-immunes).